Sindirim sistemini düzenlemeye yardımcı olan ve bu sayede bağışıklığı olumlu yönde etkileyen mikoorganizmalara probiyotik adı veriliyor. Probiyotikler bağırsağın doğal florasının hastalığa neden olan her türlü patojen yani düşman organizmaya karşı bir bariyer oluşturmasına yardımcı oluyor. Birçok çeşidi bulunan probiyotikler her sindirim problemine iyi gelmiyor. Seçilen probiyotiğin, şikayete uygunluk, savaşçı mikroorganizmaya sahip ve sayıca yeterli olması, bağırsakta sindirilebilmesi gibi özellikleri bulundurması gerekiyor.
 Sayısının yeterli olması ve doğru yerde sindirilebilmesi çok önemli
Probiyotiğin hedeflenen yararlı etkiyi gösterebilmesi için bağırsak florasına ulaşabilmesi ve oradaki zararlı flora ile yarışabilecek düzeyde canlı mikroorganizma sayısına sahip olması gerekmektedir. Seçilen probiyotik, mide asidi ve safra tuzuna dayanıklı olmalı ve bu sayede bağırsağa kadar ulaşabilmelidir. Kullanılan probiyotik kapsül şeklinde olacaksa geç salınımlı bir kapsül olmasına ve probiyotiklerin canlı olmasından dolayı son kullanma tarihine dikkat edilmesi gerekmektedir. Bazı probiyotikler ısıya karşı çok hassastır, bu ürünlerin etiketinde saklama önerisi genellikle bulunur ve mutlaka buzdolabında saklanmalıdır.
 Alırken mutlaka bir uzmana danışın
Araştırmalar bazı bakteri türlerinin belirli sorunların tedavisinde daha etkili olduğunu göstermiştir. Probiyotik kullanmadan önce şikayete yönelik olarak doğru tipte bakterileri seçmek çok önemlidir.  Lactobacillus, Saccharomyces ve Bifidobacterium probiyotiklerin en çok çalışan türledir. Bu türlerin sağlık üzerine olumlu pek çok etkisi kanıtlanmıştır. Eğer nasıl olsa zararı yok diye düşünerek yanlış probiyotik kullanılırsa kabızlık daha da artabilir, gaz ve şişkinlik sorunu yaşanabilir veya SİBO ( ince bağırsakta aşırı bakteri çoğalması ) gibi rahatsızlıklar daha da şiddetlenebilir.
  Probiyotik seçimi şikayete göre değişir
Bağırsaklarda çok fazla bakteri yaşamakta ve bu durum probiyotik çeşitliliğini beraberinde getirmektedir. Karşılaşılan problemlere göre kullanılması gereken probiyotikler değişkenlik göstermektedir. Örneğin; kabızlıkta, ishalde, gaz durumunda, mantarda, antibiyotik kullandıktan sonra kullanılması gereken probiyotikler farklıdır. Bazı durumlarda tek bir probiyotikten yeterli etki alınamadığında farklı probiyotiklerin birlikte kullanılması daha etkili olmaktadır.

• Uzun süreli ishalde; Lactobacillus Rhamnosus GG, Lactobacillus acidophilus ve Lactobacillus bulgaricus,
• Yolculuk veya antibiyotik kullanımı sonucu oluşan akut isalde; Saccharomyces Boulardi, Lactobacillus Rhamnosus GG,
• Kabızlıkta; probiyotiklerle prebiyotiklerin birlikte alınması daha etkili olabilmektedir. Bifidobacterium longum, İnülin, Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium lactis
• Ülseratif kolitte; Bf. breve, Bf. bifidum ve Lb. acidophilus,
• Mantarda; Saccharomyces boulardi ,
• Vajinal flora için; Lactobacillus acidophilus ,
• Gaz ve şişkinlikte bu şikayetin esas sebebine inerek probiyotik seçmek veya kombinasyon kullanmak daha doğru olmakla birlikte L. plantarum, Bifidobakteri, S. celevisia türleri etkilidir.